Встречается обычно в небольших притоках с медленным течением и черной водой, но в местечке Пантанал (Бразилия) черный неон живет в кристально чистой воде. Обычен в заболоченных поймах, где растет много подводной растительности. В одном небольшом ареале (штат Мату-Гросу) насчитали около 300 видов растений. Густые заросли образовали Salvinia spp, Eleocharis spp, Bacopa spp, Echinodorus spp, Sgittaria spp, Echinoria spp, Ludwigia spp. Живут большими стаями на мелководье. Часто черные неоны образуют совместные группы с другими не крупными тетрами. Питаются мелкими беспозвоночными и молодыми побегами некоторых растений, мягкими водорослями. Размножение групповое, среди растительности. Самка мечет несколько сотен икринок. Соседями по биотопу (река Парагвай) являются следующие виды рыб: Characidium zebra, Leporinus frederici, Hoplias malabaricus, Serrapinus calliurus, Moenkhausia dichroura, Pyrrhulina australis, Astyanax assuncionensis, Creagutus meridionalis, Knodus chapadae, Odontostilbe pequira, Rivulus picturadiatus, Synbranchus marmoratus, Gymnotus inaequilabiatus, Aequidens plagiozonatus, Crenicichla lepidota, Corydoras aeneus, Farlowella paraquayensis, Rineloricaria cacerenis.